Allgemein gilt eine hohe Diversität der Mikrobiota, das heißt das Vorliegen einer besonders großen Vielfalt an Mikroorganismen, als Zeichen einer gesunden Darmbesiedlung. Auch erhöhtes Vorkommen einzelner „besonderer“ Bakterienspezies, wie z. B. Faecalibacterium prausnitzii, korreliert mit einer gesunden Darmflora.

Eine Abnahme physiologisch wichtiger Mikroorganismen oder der physiologischen Diversität sowie eine Zunahme von potenziell pathogenen Bakterien kann zu einer Fehlbesiedlung führen.

Die Mikrobiomanalyse eignet sich zur Bestimmung der Zusammensetzung des intestinalen Mikrobioms. Eine Verschiebung der intestinalen Flora ergibt z. B. einen Hinweis auf Erkrankungen des Darmtraktes oder auf verschiedene Stoffwechselerkrankungen.

Der Durchbruch in der Mikrobiomanalytik erfolgte in den letzten Jahren durch die Weiterentwicklung des sogenannten „Next Generation Sequencing“ (NGS). Durch Einsatz dieser Methode kann innerhalb kürzester Zeit die Zusammensetzung der Gesamtheit der Bakterien oder der Pilze eines komplexen Mikrobioms analysiert werden.